甘薯贮藏的适宜温度为10～14℃，因而甘薯贮藏库内的温度应该控制在这个范围之内。如果温度过低会使甘薯遭受冷害，使薯块内部变褐或变黑，煮熟后有异味且有硬心，后期容易腐烂。若温度过高，则薯块开始发芽，产生糠心，并且会加速黑斑病和软腐病的发生发展。
甘薯贮藏库的空气湿度应控制在80%～95%之间。当窖内空气相对湿度低于80%时，薯块内的水分便往外蒸发，会使薯块脱水、萎蔫、皱缩、糠心，影响食用品质。当相对湿度超过95%时，则薯块会退色变褐，病原菌繁殖，烂薯率上升。如果甘薯入库时含水量超过70%，应加强通风，排湿降温。
