1、扶桑叶斑病
扶桑叶斑病是一种真菌病害。多发生在秋末天气转冷时期，尤其是北方地区。最初的症状是叶片出现淡黄色及红黄色斑点，病斑扩大后呈圆形或椭圆形，在比较潮湿的条件下，病斑上可能会出现黑色的颗粒状的物质，后期叶片干枯脱落。
防治方法：该病害的防治关键是做好防寒工作，秋后大风降温时采取保护措施。
2、扶桑茎腐病
扶桑茎腐病是一种危害严重并且发生范围较广的真菌病害。该病多发生在雨季，高温多雨条件下发病严重。初期病状不十分明显，只是受害部位的皮层会皱缩，呈现暗褐色，但皮下组织却已开始腐烂，变成褐色，病斑绕茎一周后，植株干枯死亡。叶片也会有相应的症状。发病初期时，叶片会萎蔫，边缘出现黄褐色枯斑，逐渐向里扩展，后期叶片干枯脱落。
防治方法：该病防治的关键是防止暴雨长期冲刷植株，并在雨季前后每隔10天左右用200-500倍液托布津涂干。
3、扶桑炭疽病
该病害发生于叶片上。病斑近圆形或不规则的圆形，常发生于叶的边缘，初期为深褐色斑点，扩大后边缘变宽，深红色，中央灰白色，上散生黑色小圆点。霉雨季节发病严重。
防治方法：
（1）清除病原，发病过程中要及时清除枯枝病枝，集中烧毁，减少病源。（2）合理施用氮、磷、钾三要素（千万不要只施氮肥），促使植株生长健壮，提高抗病能力。
4、扶桑煤污病
煤污病也叫煤烟病，枝叶上先出现暗褐色污斑，以后逐渐扩大，形成大面积的黑色煤烟状菌层，严重时常伴有黄色透明的粘液状物质产生，严重影响受害植株的光合作用，使扶桑不能正常生长，并且有碍观赏．此病多发生在冬春季温室湿度比较高的时期，主要是在高湿环境下由介壳虫、粉虱等害虫的分泌物诱发致病．
防治方法：
(1)加强室内通风，以降低温室的空气的湿度，不致病害蔓延。(2)受病枝叶用1000倍多菌灵液洗涤或烧毁。(3)用杀虫药剂喷洒，以彻底根治。