番茄容易受到真菌性病害的浸染，番茄真菌性病害分为两类，一类是由低等真菌引起的病害。另一类是由高等真菌引起的病害。
（一）番茄低等真菌引起的病害
番茄的低等真菌病害不多，晚疫病、霜霉病是其中最主要的两个，为防控这两类病害，要在11月底之前，全棚整体喷施一遍银法利600倍液加大生600倍液或者双界1000倍液，喷头朝上，喷施药液，整株喷严，防止露喷。
（二）番茄高等真菌引起的病害
番茄的高等真菌病害分为两类，一类是普通的高等真菌，以早疫病、叶霉病为代表，这类病害在冬季发生的不多，越冬之前喷施双界1000倍液或拿敌稳3000倍液喷施一遍。另一类是以灰霉病和菌核病为代表的病害，也是冬季发生严重的病害。由低温高湿引起。如果有伤口，更易发生。这类病一旦发生，很难一次治愈。可喷施特锐菌剂2000倍液，或喷施双界1000倍液或者露森娜800倍液进行喷施。
