一、冷害：
薯块入窖前或贮藏期间处在低温9℃以下时间长了，新陈代谢活动受到破坏，这就是冷害。受冷害后15-20天，轻者点片腐烂，重者全窖腐烂。据试验，薯块在3-6℃，6天就会受冷害；9℃以下lO天产生冷害，经20天后表现出冷害，30天后部分发生腐烂，40天后大量腐烂。受冷害的特征：首先是薯块由青棕色变为暗褐色，然后发生干腐；其次薯块头尾发生腐烂；其三薯块中间腐烂。如果把受冷害的薯块横切时，乳汁很少，用力挤压流出清水，轻的薯块“硬心”还有甜味，严重的有苦味，在维管束附近出现红褐色，后变为棕褐色，俗称“黑筋”，薯块呈水湿状，发软。冷害的原因主要是收获期偏晚或薯窖保温条件差。
二、病害：
甘薯在贮藏期间病害较多，如黑斑病（黑疤病），软腐病（浓坏），茎线虫病（糠心病）等。
窖内发病的主要原因：薯块带病入窖，在高温、高湿条件下继续感染，尤其是保温条件差，薯块受冷害，软腐病菌乘机而入进行危害。
三、湿害：
薯块在田间生长期间，田里积水时间长，由于空气不足使薯块生理机能遭到破坏，生活力降低，入窖后温度升高引起腐烂，或薯堆内水汽上升，在薯堆表面遇冷时凝成水珠、浸湿薯块或因雨雪漏在窖内浸湿薯块时间长了会发生腐烂。
四、无氧呼吸：
入窖初期，气温较高，井窖尤其是深井容易产生缺氧，装薯过满或封窖过早都会缺氧。由于薯块的呼吸作用使窖内氧气不足，二氧化碳浓度过高，呼吸受到抑制，造成无氧呼吸，引起腐烂，并产生酒精。
五、机械损伤：
薯块在收藏运输，入窖过程中受到机械损伤、病菌侵入引起腐烂。
