不同有机肥料的养分含量和性质差别很大，在施用时必须注意以下事项：
1.有机肥料除直接还田的作物秸秆外，一般需要经过堆沤处理，使其充分腐熟之后才能施入土壤，特别是饼肥、鸡粪等高热量有机肥尤其要注意这一点，以防烧苗。
2.人粪尿是含氮量较高的速效有机肥，适合作追肥用。施用前要经无害化处理，而且要看作物施用。长期单一施用时必须配施一定量的富含有机质的肥料，以保证土壤养分的平衡供应。
3.堆肥、沤肥、沼渣肥等含有大量的腐殖质，适合培肥土壤。但因其中还有大量尚未完全腐烂分解的有机物质，所以宜作基肥施用，不宜作追肥施用。
4.用秸秆或稻草作肥料时，要提前切短并配合一定数量的鲜嫩绿肥或腐熟人粪尿施用，以缩小碳氮比和满足微生物繁殖时的氮素之需，并在早期补充磷肥；要同土壤充分混匀，水分供应充足；用量不能太多，以免在分解时产生过量有机酸对蔬菜根系造成危害；不能将病虫害严重或污染严重地带的作物秸秆或稻草直接还田（可堆沤发酵后还田），以免造成病虫蔓延或土壤污染。
5.草木灰含有5%～10%氧化钾，呈碱性，不能同腐熟的人粪尿、厩肥混合施用或贮藏，以免降低肥效。
6.泥炭又称草炭或泥煤，富含有机质和腐殖质，但其酸度大，含有较高的活性铁和活性铝，分解程度较低，一般不直接作肥料施用，常用作栽培基质材料。
7.生物有机肥是一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。在施用时要足墒施用，适时适温施用，尽量提早施用，与速效化肥配合施用效果更好。
