随着人们生活水平的提高，消费者对绿色食品有了深的认识，绿色消费逐渐成为一种文化和时尚。由于目前许多肥料的非环保性、对土壤和地下水的污染性，使得农作物的生产不得不放弃肥料的使用，以保持农作物的绿色性，但这样也带来诸多问题：农作物产量下降、成本大幅度上升、价格居高不下，绿色食品成了贵族食品。生物菌肥恰好解决了绿色食品生产中面临的问题，它自身环保、在使用过程中无任何污染，可以大大提高农作物的产量，同时还可以降低硝酸盐对生态环境的污染，是理想的“绿色肥料”。
传统化肥的弊端
1、化肥中不含有机质、腐殖质 大量使用化肥，由于缺乏有机质和腐殖质，土壤团粒结构遭到破坏，造成土壤板结，农作物产量下降。
2、化肥利用率低 氮肥易挥发、流失，利用率只有30%-50%；而磷肥的利用率仅有10%-25%，主要是由于磷酸根易与土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等阳离子结合形成难溶性磷；钾的利用率也只有50%左右。
3、大量使用化肥使得农产品的品质大大下降 农产品在生产过程中除了需要N、P、K等大量元素外，还需要补充Fe、Mn、Zn、Cu、Se等微量元素。而化肥的成分较单一，长期使用必然导致土壤中元素失衡，从而导致作物内部转化合成受阻，大大降低农产品的品质，直接影响生产者的经济效益。
4、危害人体健康 大量施用化肥，易使农产品中硝酸盐含量超标，而亚硝酸盐与胺类物质结合形成N-亚硝酸基化合物为强致癌物质。
5、化肥的长期低效施用，使土壤中某些元素过分积累，杀死土壤中的有益微生物，改变土壤原有的理化性质，造成环境的污染。
6、从中国大量使用化肥看，越使用化肥，地力就越下降，就越依赖化肥，形成恶性循环。
生物菌肥料的优点
1、改良土壤 (1)通过有益菌的繁殖，大量有益菌在植物根系周围形成了优势种群，抑制其他有害菌的生命活动。(2)快速分解土壤有机物质，促进土壤团粒的形成，改善土壤的理化性质，提高肥力，增强土壤的透气性。(3)分解土壤中的农药残留，防止残留农药对下茬作物产生药害，还可以降解植物生长过程中根系代谢的有害物质。
2、具有固氮、解磷功能 能够把空气中的氮部分转化成植物可利用的氮，有益菌生长代谢产生的有机酸和酶类，可以分解土壤中难溶性的磷 (土壤中难溶性磷肥占95%)，供植物吸收利用，因此大大提高农作物对肥料的利用率，减少肥料的施用。
3、促进植物生长，提高农产品品质 生物菌肥中的有益菌能够促使土壤中微量元素的释放，同时有益菌代谢产生多种植物所需的物质，如氨基酸、生长调节物质、维生素等。
4、促进作物早熟和延长采收期 由于土壤理化性质得到改善，土壤养分丰富且平衡，土壤中肥料能够更好的被作物很好的吸收，因此能够促进作物早熟和延长采收期。
5、生物菌肥不同于化肥，一次性使用量少，可避免化肥过量使用带来的环境污染 与有机肥配合使用，能够持续不断的改良土壤，由于有益菌能够快速分解有机物质供农作物吸收，因此保证了当年的农作物产量，同时克服了有机肥肥效慢的特点。
