一、苗期
需主要防治猝倒病和立枯病。苗齐后立即喷药，所用药剂有有两个配方。第一配方：采用72.2%的普力克800倍液叶面喷施，第二个配方：瑞苗清2000倍液叶面喷施，两个配方交替使用每7～10天喷施一次，连喷2～3次就可防治苗期病害了。
二、定植后
主要防治茎基腐病和斑枯病的发生，虫害主要防治蚜虫、白粉虱和蝼蛄等。
1、茎基腐病
缓苗后7天左右就有发生，15天左右发生最严重。如果在芹菜定植前3天或定植缓苗后4～5天用瑞苗青2000倍加72%农用链霉素3000倍各喷一次即可。一旦发现病株及时挖除并撒入石灰消毒，减少或暂停浇水。同时用拿敌稳3000倍液每亩用药量为4～5喷雾器，将喷头拧下，顺根部喷淋。
2、斑枯病
烟剂薰棚，用45%百菌清烟剂或扑海因烟剂，每亩110克分散5～6处点燃，熏蒸一夜，每9天左右一次。或用72.2%的普利克800倍液或拿敌稳3000倍液喷施，20天左右喷一次，一般喷两次就可治愈。
3、蚜虫、白粉虱
物理防治：温室通风口处采用尼龙网纱防虫，黄板诱杀。
药剂防治：10%吡虫啉可湿性粉剂1500倍液，6天～7天喷一次，连续2～3次。
4、蝼蛄等地下害虫防治
施撒毒饵防治：先将饵料（秕谷、麦麸，豆饼，棉籽饼或玉米碎粒）5公斤炒香，而后用90%敌百虫晶体30倍液0.5公斤拌匀，每亩施用2.5公斤左右，在傍晚撒施。
